Stejně tak zoonotická onemocnění (nemoci přenosné ze zvířat na člověka), jejichž původci jsou bakterie jako E. coli, Campylobacter nebo Salmonella, zůstávají v živočišných produktech a často si vynutí likvidaci ohromné spousty takových výrobků. Zvířaty přenášené bakterie mohou být pro člověka smrtelné. Pokud se podobná situace objeví u rostlinných výrobků, je to vždy způsobeno kontaminováním plodin zvířecími výkaly.

Koho by zajímalo, jaký je výskyt zoonóz ve vzorcích masa kontrolovaných na jatkách v České republice, výsledky uvádí Zelená zpráva o stavu českého zemědělství. V roce 2015 byla záchytnost u brojlerů 21,7 % (Salmonella spp.) resp. 65,1 % (Campylobacter spp.), u hovězího masa 15,9 % (E. coli), u vepřového masa 20,2 % (E. coli). Vzhledem k tomu, že se jedná o patogeny způsobující i život ohrožující onemocnění, to nejsou zrovna malá čísla.

3. Ničení života a životního prostředí

Velkochovy mají také ničivý dopad na životní prostředí. Ze 399 provozů, které v České republice v roce 2012 vypustily do ovzduší nadlimitní množství čpavku, bylo 238 velkochovů prasat, skotu nebo drůbeže.

Živiny z hnoje mohou navíc pronikat i do vodních toků, kde způsobují eutrofizaci (nadměrný obsah živin, zejména dusíku a fosforu), vedoucí k expanzi řas, které při rozkladu způsobují hypoxii (nedostatek kyslíku) vedoucí k úhynu vodních živočichů. Takto vznikají tzv. mrtvé zóny v oceánech. Místa, kde už není žádný život.